La sección de balonmano se crea en 1956  cuando Anaitasuna propuso a la antigua escuela de Comercio, que contaba con un equipo de balonmano a 7, jugar para Anaitasuna.

En 1957 fue el 1º campeonato que se celebró en nuestra ciudad organizado por la Federación Navarra de Balonmano y en el que Anaitasuna se adjudicó el triunfo.
Ese mismo año también el equipo se hizo con la Copa Zariquiegui.

La temporada 57/58 Anaitasuna queda Campeón de su grupo, pero en la liguilla final se quedó 3º. Sin embargo, se adjudicaría el Trofeo de Navidad.

Equipo de la temporada 56/57

Temporada 58/59 Anaitasuna se proclama Campeón Navarro.

Temporada 59/60 se adjudicará de nuevo el Campeonato Navarro y el Campeonato Nacional de 2ª categoría, con el trofeo al jugador más destacado, "Tito Ibarrola", y al máximo goleador, "Condearena".

Con todos estos triunfos, ascienden a 1ª categoría.
Y ese mismo año conisguen otro nuevo título, Torneo de la I semana Deportiva de San Fermín.

Temporada 60/61 el equipo debería jugar en 1ª categoría, pero por problemas federativos se mantuvo en la 2ª categoría. Ese año se proclaman Subcampeones Navarros y ganan el Trofeo de Navidad.

Temporada 61/62  y 62/63 se proclaman Subcampeones Navarros, esta vez en 1ª categoría.

Temporada 63/64 por un despiste federativo se vuelve a 2ª división y vuelven a proclamarse Subcampeones Navarros.

Temporada 64/65 Consiguen alzarse con la Liga Navarra,  Campeón de España y  con la 1ª división de nuevo.

Temporada 65/66 Anaitasuna vuelve a quedarse Campeón Navarro de Liga y Copa y 2º en la fase sector.

Temporada 66/67 se consigue el ascenso a División de Honor.