En enero de 1978 dieron comienzo las primeras clases de Judo, y en diciembre de ese mismo año se crea la sección.
En 1989 José Luis Tovías, que fue durante estos años el entrenador de la sección, dió paso a Alfonso Martínez de San Vicente.
En la temporada 90/91 se comienzan a realizar las primeras salidas para competir. Beatriz Hernandez, obtuvo el título de Campeona Navarra en categoría infantil.
La temporada 91/92, Beatriz Hérnandez, obtuvo la medalla de bronce en el Campeonato de España en categoría infantil, siendo la 1ª medalla en un campeonato de España para la Sociedad. Y este mismo año se consiguió por 1ª vez, ser los Campeones Navarros por equipos en la categoría infantil.
En 1992 se crea el grupo de Judo Mantenimiento..
En la temporada 93/94 Beatriz Hernández consiguió el primer cinturón negro, primer DAN, para la Sociedad.
En la temporada 94/95 en categoría cadete se proclama campeon de España, Aritz Iriarte. Además ese mismo año obtiene el 1º puesto en el Campeonato Navarro Senior.
En 1995, es cuando Juan Ramón Aramendía obtiene el primer cinturón negro, 2º DAN, siendo así el primer judoka de Anaitasuna que lo consigue. 
En la temporada 95/96, destacar que en la Fase Sector de los campeonatos de España senior, Beatriz Hernandez logró el 1º puesto.
En 1997, Beatriz Hernandez consigue la 1ª medalla de plata en un Campeonato de España Senior, y es la 1ª mujer en la historia del judo en Navarra en hacer una final en este campeonato (en esta categoría).
Es en 1998 cuando se crea el grupo de Jiu Jitsu.
Beatriz Hernandez consigue el primer cinturón negro, tercer DAN, en 1999.
Fue en el año 2000 cuando se consigue por primera vez ser Campeones de Navarra por equipos en Categoría Senior Femenina. Y un año más tarde, en 2001,se consiguió el mismo título en Categoría Masculina.
Es en el año 2004 cuando Javier Hernandez consigue el primer oro en categoría masculina en la Fase Sector del Campeonato de España Senior.
En el 2005, Nieva Larraya es la primera judoka en acudir a un Campeonato de Europa.
Hay que destacar también a Daniel Melero, siendo el judoka que más veces ha ganado el Campeonato Navarro, consiguiendo el triunfo en 18 ocasiones.Por último, señalar que este judoka ha sido el 1º cinturón negro 4º dan, a la par que Javier Hernández en 2007.